Історія нашого музею почалась в 1930 році, коли приміщення Косого капоніру і територія біля нього були оголошені Історико-революційним заповідником та передані Музею Революції як філія музею. Тут була створена експозиція по історії Косого капоніру як царської тюрми на основі матеріалів про в’язів Косого капоніру та Лук’янівської тюрми.
Робота музею продовжувалась недовго. Починаючи з 30-х років інформацію яку ніс музей намагались знищити або приховати. В 1932 році у зв’язку з необхідністю звільнити приміщення, музейні експонати переносять в церкву яка була непридатна для зберігання експонатів через вологість. В 1935 році музей був перевезений до одного з корпусів Лаври №30. Приміщення було сирим, напівтемним. Фондові матеріали псувались. Співробітників музею торкнулись репресії.
В жовтні 1940 року прийнята постанова РНК УРСР про об’єднання Київського Обласного Музею Революції з Центральним Історичним музеєм і передачу всіх фондів Центральному Історичному музею. «Косий капонір», як самостійний музей, припинив своє існування.
В роки німецько-фашистської окупації Києва, експозиція Косого капоніру була зруйнована, а приміщення зайняте військовою частиною.
На вимогу киян та завдяки Постанові Ради Міністрів УРСР від 28 вересня 1967 року №633 «Про відновлення в місті Києва музею «Косий капонір» - філіалу Державного історичного музею Української РСР. 24 вересня 1971р. відкрито Історико-революційний та архітектурний музей «Косий капонір», філіал Державного історичного музею з експозицією «В’язниця, каторга, заслання».
3 жовтня 1975 року в штат музею була введена нова посада старшого наукового співробітника по фондовій роботі. Перші експонати до фондів були передані з фондів музеїв України та Польщі.
В 1976 р. головними напрямками роботи музею були науково-дослідна, експозиційна, масова науково освітня роботи, наукове комплектування фондів. Основна увага приділялась збиранню матеріалів про в’язнів «Косого капоніру» та встановлення зв’язків з рідними та знайомими революціонерів. Так з’явились їхні особисті речі, листи, фотографії.
З 1977 року почала працювати фондова комісія. Основний фонд на той час нараховував 215 одиниць зберігання, складався з речей в’язнів, листів, екслібрисів, зброї, пам’ятних медалей, авторські книги з дарчим написом, альбоми.
Велику роль в зібранні фондових колекцій відіграв Яків Ісаакович Бердичівський - меценат, колекціонер, бібліофіл, пушкініст, засновник Музею Олександра Сергійовича Пушкіна в Києві. Володів кращою колекцією вітчизняних екслібрисів на Україні. В нашому музеї був експертом закупівельної комісії.
Нині фондові зібрання НІАМ «Київська фортеця» налічують близько 22 тисяч одиниць зберігання.